A la terra com al mar, Nova Caledònia sembla ser un santuari de la biodiversitat mundial, amb una taxa d’endemisme d’espècies al voltant del 80% . L’arxipèlag és un dels 35 ” punts calents ” de biodiversitat identificats al planeta.

Pel que fa a la biodiversitat marina , Nova Caledònia té la segona barrera d’escull més llarga del món. Aquest últim acull el 20% de la biodiversitat mundial i més de 9.000 espècies marines, incloent 400 espècies de coralls, 2.000 espècies de mol·luscs, 4.000 espècies de crustacis, 2.300 espècies de peixos, 26 espècies de taurons marins mamífers, 27 mamífers marins i 5 espècies de tortugues. Algunes espècies estan especialment vigilades i són objecte de plans d’acció específics, com les tortugues marines o els dugongs, també anomenades comunament “vaques marines”.