Στην ξηρά και στη θάλασσα, η Νέα Καληδονία αποτελεί καταφύγιο για την παγκόσμια βιοποικιλότητα, με ποσοστό ενδημισμού ειδών περίπου 80%.
Το αρχιπέλαγος είναι ένα από τα 35 hotspots βιοποικιλότητας που έχουν εντοπιστεί σε όλο τον κόσμο.

Όσον αφορά τη θαλάσσια βιοποικιλότητα, η Νέα Καληδονία διαθέτει τον δεύτερο μεγαλύτερο σε μήκος ύφαλο στον κόσμο.
Φιλοξενεί το 20% της παγκόσμιας βιοποικιλότητας και πάνω από 9.000 θαλάσσια είδη, μεταξύ των οποίων 400 είδη κοραλλιών, 2.000 είδη μαλακίων, 4.000 είδη οστρακοειδών, 2.300 είδη ψαριών, 26 είδη καρχαριών, 12 είδη θαλάσσιων φιδιών, 27 θαλάσσια θηλαστικά και 5 είδη χελωνών.
Ορισμένα είδη, όπως οι θαλάσσιες χελώνες και οι δίπονγκοι (γνωστοί και ως “θαλάσσιες αγελάδες”), παρακολουθούνται ιδιαίτερα στενά και αποτελούν αντικείμενο ειδικών σχεδίων δράσης.