En tierra y mar, Nueva Caledonia es un santuario de la biodiversidad mundial, con una tasa de endemismo de especies de alrededor del 80%.
El archipiélago es uno de los 35 puntos calientes de biodiversidad identificados en todo el mundo.

En términos de biodiversidad marina, Nueva Caledonia tiene el segundo arrecife más largo del mundo.
Alberga el 20% de la biodiversidad mundial y más de 9.000 especies marinas, entre ellas 400 especies de coral, 2.000 especies de moluscos, 4.000 especies de crustáceos, 2.300 especies de peces, 26 especies de tiburones, 12 especies de serpientes marinas, 27 mamíferos marinos y 5 especies de tortugas.
Algunas especies, como las tortugas marinas y los dugongos (también conocidos como «vacas marinas»), son objeto de un seguimiento especialmente estrecho y son objeto de planes de acción específicos.